يدرس الطالب بالطريقة المعتادة المواد الموجودة في الخطة للفصل الدراسي، ثم يتقدم للاختبار فيما درس.
يُعطى الطالب المواد المقررة مسجلة ومعها رابط الكتاب، ويتابع مع المعلم وعند الانتهاء من دراسة المواد، يرفع المعلم تقريراً إلى الإدارة باستعداد الطالب للاختبار، ثم يتم اختباره من قبل المعلم.
لأن الجامعة تسعى لتخريج طالب علم على علم ووعى وفهم لأمور دينة، كان هذا التقسيم للعبء الجامعي، والساعات الدراسية:
الدبلوم العام: عام واحدٌ مقسم إلى فصلين دراسيين، بواقع ١٠٠ ساعة
البكالوريوس: (٤ أعوام)، مقسمة إلى ٨ فصول دراسية ثم يقدم بحث علمي للتخرج لا يقل عن ٣٠ صفحة، بواقع ٤٠٠ ساعة.
الماجستير: عام واحد مقسم إلى فصلبن دراسيين، ثم تحضير الرسالة، بواقع ١٢٠ ساعة.
الدكتوراه: فصل دراسي واحد فقط بمواد استدراكية قليلة (إن لم يكن الماجستير من جامعة خاتم المرسلين العالمية)، ثم تحضير الرسالة، أو تحضير رسالة مباشرة إن كان الطالب قد درس الماجستير من جامعة خاتم المرسلين العالمية.